國道一號、三號等縱向國道大多有省道替代道路。交通部高公局業務組組長彭煥儒指出，
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，不想付費走縱向國道的通勤族，
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，在計程收費上路後，
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，可利用台一線、台三線、台六十一線等省道，
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，搭配地方道路作為替代路線，
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，省下通行費。
高公局及台北市、新北市政府評估發現，計程收費上路初期的「陣痛期」，國道車潮轉移量約在百分之二到一成四之間，免費里程越高，從國道改走平面道路的轉移量越低。以目前呼聲最高的方案三來看，當免費里程高達廿公里時，由國道轉移到平面道路的轉移量為百分之二到百分之八，對於地方道路的衝擊相對較小，但對都會區國道尖峰時段壅塞情況，改善程度也較為有限。
高公局總工程司吳木富表示，未來每個開車族心中都像有座「隱形收費站」，視每日行駛公里數及免費里程，評估使用國道距離的長短。
彭煥儒指出，走省道、地方道路，可能導致時間增多及油料浪費。高公局認為，計程收費上路後的短期「陣痛期」過後，部份轉移到平面道路的車流，發現時間成本過高後，也可能逐步回流。，