究竟政府面對乾旱治理議題，
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，存在什麼困境？主要困境有三：一、水資源並非完全由單一機關控制：水資源除了經濟部所屬的水資源局外，
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，各地的農田水利會掌控部分水資源，
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，還有自來水公司。特別是農田水利會會長係透過選舉產生，
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，競爭激烈的程度，
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，不下於其他選舉；或者，
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，農田水利會對於水資源分配，
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，就充滿了權力與政治思維。另外，水資源還可分工業用水、農業用水、民生用水等，每一種用水背後均有其龐大的政治與經濟利益或地雷。換言之，水資源管理與分配事權不一，不可能一個人或一個單位說了算；而也因為如此，無法提出系統化的水資源政策。而且，民眾也有權知道，水到底用到哪裏？因為這些資訊不透明，所以責任也就模糊不清。二、地方政府不關心水資源運用：由於水資源分配不在縣市政府，也不在鄉鎮市公所；所以基本上水資源開發、旱災與節水，都不是地方政府關心的議題。因此，雖然地方政府有權可以配合水資源政策，但因地方政府沒有誘因，讓水利署所屬的水資源局難以全面形成、規畫與執行水資源政策。三、水資源缺乏區域治理機制：水資源開發、分配與運用，具有區域特性，應有區域整合機制，但目前看到的是，各水資源局多在單打獨鬥。例如，日昨許多新科縣市首長，多在談區域治理相關議題。卻沒有一位縣市首長將水資源分配運用，列為區域治理的「重大」議題。從水資源治理角度分析，中央與地方政府是脫節的，因此直接或間接影響水資源運用的效率。理論上，行政院下的區域辦公室（如雲嘉南辦公室）應出面進行區域整合；問題是，區域辦公室會出面回應，因為沒錢、沒人，所以無法推動區域整合。換言之，水資源是區域治理的重要議題，必須建立區域整合機制。，