衛生福利部正式掛牌，
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，由於內政部社福業務單位的併入，
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，衛福部一躍擠進前五大部會之列，
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，但看似錢多、人多、資源多的背後，
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，挑戰也接踵而至。尤其衛署原本已因健保、食安管理業務焦頭爛額，
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，現又接下同樣棘手的社福長照業務，
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，是會雪上加霜、還是否極泰來，
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衛福部首先要面對的就是多套人馬整合，在內政部社福業務移撥後，原內政部社福部門1300多位公務員，隨原內政部次長曾中明併入衛福部。但衛署人員多理工醫療科系出身、社福人員則以文法社福科系為多，專攻領域不同，思考模式也不一樣。
大體說來，衛署員工重理性，習慣化繁為簡，社福部門則較感性，強調不同個體需求，在政院先前規劃長照服務時，就已傳出衛署、內政部意見相左，爭主導權之說，也讓社福團體擔憂「學醫的能否真理解社福實際需求」？如今兩套人馬在同一屋簷下，是截長補短，還是相互掣肘，牽動衛福部順利運作與否。
立委私下透露，在立院討論衛福部組織架構時，邱文達即已對「不同人馬」的文化思維差距深有所感，當衛署人馬抱怨「中醫藥委員會不應禮讓內政部人馬、降格為中醫藥司」時，邱也多次以「大局為重」力勸同仁，希望全力安內，降低磨合陣痛。
除人和受矚外，衛福部業務加重也是待克服的挑戰。首先，衛福部預算看似因部會整併增加，但其實僅是整併單位原預算加總，對健保、長照經費不足的困境幫助有限。
再者，伴隨衛福部成立，所轄局處雖升格為署，人力無大幅增加，業務卻日益吃重，以食藥署為例，除食品藥物安全議題範圍日益擴大、還兼管生技業法規審核，原食藥局局長康照洲近一年就因層出不窮的食安事件頻頻跑立院、被罵得滿頭包，如何延聘同樣具抗壓力的署長人選，也是邱文達立即要面對的挑戰。，