慈濟醫院是慈濟基金會捐助成立，
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，非慈濟基金會附設醫院，
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，當年不符房屋稅對醫院自用房屋免稅規範，
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，台北慈濟醫院曾被新北市要求補繳2年度房屋稅。財政部2012年底修改規定，
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，具宗教性質醫院，
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，使用自有房屋可免房屋稅，
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，但優惠因不溯及既往，
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，慈濟等醫院仍被要求補稅，
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，包含位於新北市的台北慈濟醫院補稅2600多萬元；花蓮慈濟也被要求補稅3200多萬元。立委曾巨威指出，
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，財團法人要避免爭議，唯有做到財務公開透明，但現有法規未積極規範，特別是應用上也未嚴格管制，像慈濟是否需這麼多地，法令上並未嚴格限制。「現有制度難以要求財團法人財務透明！」曾巨威說，財團法人常出現理事會被最初成立的那批人長久把持，即使經過數年，理事換人，最初捐贈、成立者仍舊可左右理事會。此外，身為公益團體，慈濟每年獲大批捐贈，只要每年符合公益目的支出逾6成，所得稅全免。國稅局官員坦言，相較來說，查稅時在法規規範與認定上，對公益團體「會比較有彈性」。例如添購、修理冷氣機支出，公益團體可選擇全數申報，這部分屬修理房舍用途，認定上可算符合公益目的支出。，