在本屆總統選舉前後鬧的沸沸揚揚的宇昌案，
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，前民進黨主席蔡英文認為當時的行政院長吳敦義、台北市議員李新、經建會主委劉憶如，
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，利用宇昌案不實資料攻擊她，
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，讓外界質疑她騙取國發基金，
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，控告三人妨害名譽、違反總統副總統選罷法等，
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，台北地檢署經以被告身分傳喚吳敦義三人，
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，十四日以罪嫌不足，
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，不起訴三人。
前民進黨主席蔡英文辦公室代理發言人黃重諺昨天表示，宇昌案經特偵組簽結，已確定蔡英文未涉任何不法，如今無論檢方是否認定國民黨部分人士觸犯「意圖使人不當選」，國民黨陣營在總統大選期間的不實攻訐，都已對台灣的民主和產業發展造成傷害；至於其他法律問題，將等看到不起訴書後再回應。
檢方傳喚吳敦義、劉憶如三人，吳敦義辯稱劉憶如事前未向他提及宇昌案，他事前沒看過宇昌案案卷，劉憶如身為經建會主委，有向立法院報告權責，他沒有必要也從未指示劉進行行政調查。
吳敦義說，他認為蔡英文在宇昌案未避嫌有問題，他看過資料發現九十七總統大選前，國發基金兩度先通過台懋生技創投案，金額加起來有十四億多，並沒有說台懋是蔡在行政院副院長任內批准，這是媒體報導簡略所致。
另劉憶如辯稱，她前年十二月帶團到日本招商，剛回國就應立院要求報告宇昌案，由於檔案卷宗龐雜，文件順序未照時間排列，讓同仁產生混淆，將文件日期標示錯誤，並非故意，事後發現錯誤也透過媒體澄清，強調她不是為總統大選而調查。
檢方認為，吳敦義、李新對於宇昌案的發言及刊登廣告內容，並非子虛杜撰、毫無所本，而劉憶如公布相關資料的文件日期標示錯誤，並非故意，她發現錯誤後，即透過媒體澄清報導，並沒有偽造文書犯意，亦無違反總統副總統選罷法意圖，因此將三人不起訴。，