六龜等山區荖濃溪、楠梓仙溪有多條支流劃為保育溪流，
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，溪流有保育魚類及其他動植物生態。但因莫拉克風災後遭破壞，
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，保育人士深嘆回復清澈溪流景觀，
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，只能待更大災難掩埋土石堆景觀才有機會重現。莫拉克風災前，
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，楠梓仙溪那瑪夏河段每年封溪護魚成為河川生態保育最有績效模範，
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，在荖濃溪支流有桃源復興里拉庫斯溪，由地方組成生態保育團體來維護溪流環境生態。桃源高中社區組成塔羅留溪巡守隊保護溪流，林務局等單位將塔羅留溪打造成一條賞魚觀光溪流。這幾條曾經成立保育巡守隊維護溪流，因莫拉克風災巨大洪水衝擊，整個溪流景觀改變，小溪流變成土石淤積的大河，當年大石塊與蜿蜒清流已不復存在，災難後河谷土石一片猙獰，讓保育人士感慨河川生態景觀已經回不去了。溪流生態塗炭，當年加入保育行列有志之士已各奔東西。熱心於生態保育許姓人士指出，台27線5Κ附近荖濃溪東岸，距離河床約50公尺邊坡上，在莫拉克風災後裸露出許多溪谷鵝卵石。他指出，沒人知道幾百年前這裡發生什麼事，也許幾百年後上天有其自然法則，豪雨洪水會將淹沒溪流再度淘洗，顯露出原有自然風貌。，