由於營運成本難以估算，
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，加上股東在經營上的發言權太低等因素，
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，即便京滬高鐵營運超乎預期，
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，但其兩大股東─平安資產管理公司和大陸全國社保基金決定和京滬高鐵說「掰掰」，
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，先後提出退股要求。
財新網報導，
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，上述兩家投資機構在去年下半年，
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，就分別提出希望京滬高鐵大股東－中國鐵路建設投資公司（下稱中鐵投）代表鐵道部回購股份。目前大陸鐵道部仍在協調此事。
京滬高鐵股份公司2007年12月成立，
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，這也是鐵道部初次嘗試在高鐵中引入機構投資者。中鐵投代表鐵道部投資，
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，股權占比56％；7家地方政府投資公司總計占約20％；以平安資產管理公司為發起人的4家保險系投資團投資160億元人民幣（下同），占投資比重13.9％；社保基金出資100億元占8.7％。
報導稱，去年京滬高鐵客票收入為173.8億元，這還不包含廣告和車站商舖收入，營收超乎預期，但京滬高鐵離盈利目標甚遠，且運營成本仍在變動，特別是與鐵路局的委託運營成本談判進展艱難。
報導指出，保險基金退出京滬高鐵的原因主要有4點。首先是投資規模超出預期。原本預計總投資為1，600億元，但最後總投資金額達到2，200億元，遠超預期。
其次是票價低於預期。京滬高鐵目前二等座票價每公里為0.42元，而投資者先前依模型測算票價為0.48元，票價低於投資者預期。
第三是公司治理不規範。京滬高鐵開通後多次調整運行內容，包括減少發車數量、降低商務艙價格等。但這些調整「都由鐵道部說了算」，股東沒有任何話語權。第四是鐵路清算系統不透明，股東難以獲知跨線收入是否完全併入。
京滬高鐵目前的收入已可覆蓋委託運營成本、折舊與利息支出，但除了車輛固定成本，還有人事費用、水電及維修費用等，也成為大股東打退堂鼓的主因。，