阿扁擔任台北市長的1994年延攬陳菊擔任社會局長4年、1998年謝長廷請她擔任高雄市社會局長2年、2000年唐飛擔任閣揆請她擔任勞委會主委5年，
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，因發生高捷泰勞暴動引發風暴，
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，黯然請辭勞委會主委。2006年陳菊回到美麗島事件發生地，
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，這個早年供給她政治養分的高雄，
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，希望透過選舉，
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，讓她的政治生命再次淬煉重生。3次的市長選舉，
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，選票一再累積登高，
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，行政資歷累積最雄厚，也曾代理過民進黨黨主席的她，黨內聲望節節高漲。陳菊原先是民進黨美麗島系，1991年以後成為新潮流系主流之一，雖然不喜歡與中國大陸打交道，又因邀請14世達賴喇嘛來台訪問、放映熱比婭紀錄片等事件被大陸貼標籤，但為了經濟與觀光，她仍身段柔軟地2次登陸訪問，取得兩岸城市交流合作，建立可長可久的互動架構。其實困擾著陳菊是否能往政壇登高峰的是健康問題，她曾因小中風、脊椎骨摔傷，一直在做復健，幸好周遭有不少策士幫忙捉刀規畫市政，適時減災避禍，讓她的政治道路屢遇險阻，都能安然過關。，