政務官需負擔政治責任、沒有明確規範任期，
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，還必須放棄現任年資的工作形態，
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，卻讓許多教授「聞政務官色變」，
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，因為一答應就「回不去了」。為提高轉任政務官意願，
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，新制度准許政務官可「回去」，
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，卻遭批獨厚政務官，
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，此說法太過嚴苛。
過去，
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，政務官退休時，
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，可併計過去常務文官年資，卻以較優渥的政務官條件退休遭外界質疑。當時認為「常任文官應中立，不可併計政務官年資」，因此考試院進行改革，才有現行的政務官與常任文官年資一刀切制度。
一直以來，我國的政務官大部分都從教育界「挖角」；不過，年資一刀切卻造成轉任政務官誘因不足。
由於政務官退休條件不如軍公教體系完備，加上轉任後的教授老師又很難回教職，若年資無法延續，更難說服學者轉任政務官，這已變相形成政府人才荒。
從現實面而言，教授、常任文官拒轉任政務官的現象，是無論藍綠執政都會碰到的問題，批評此一改革獨厚當權者與教授高官，實在有失公允。，